敵人突然出現，強大的攻擊竟導致父親北斗失踪了，隼人頓時變得坐立不安。沒想到，9歲北斗竟在此時穿越時空來到他的面前。隼人為了守護地球，少年北斗想返回自己原本的世界，兩人找上最新技術「新幹線戰士ALFA-X」的駕駛員，並集合各地的「新幹線戰隊」，一起對抗宇宙最強的敵人！